2017年12月19日全国碳市场已正式成立，在建设方案中未对地方试点结余碳配额转化为全国碳配额做出明确规定。对于在试点区域内，通过购买或者自身节能减排所剩余的碳配额该如何处置存在一定的不确定性和风险性。这将是个试点区域内的控排企业急需要关注和解决的问题。
一、试点分散且交易机构独立
我国现在存在的七个试点省市的地理位置分散并且交易机构各自独立，这样首先无法实现规模效应，所谓规模效应是指规模增大从而使经济效益提高。各个试点各自为政，可能会导致各个试点之间的激烈竞争，甚至产生恶性竞争，这也就不利于碳市场继续发展壮大。
不仅如此，尽管试点省市各自出台了暂行办法，但是各个试点的暂行办法对纳入范围的控排企业在标准设定、配额分配方法等方面都存在不一致的地方。比如在对纳入范围的企业的设定标准上，深圳和北京的标准较低，为年排放量5000吨二氧化碳及以上，湖北的标准就要高出许多，为年综合能源消费量在6万吨标煤及以上。
二、重视二级市场忽略一级市场
首先，迄今为止，这些试点始终没有解决好初始分配问题，而当前二级市场大部分问题的根源也是由分配带来的。也就是说，这些试点都过于重视二级市场而忽略一级市场。各个交易所大量投资于二级市场建设，但是未来的回报风险很高，一些碳交易所已经面临巨大的盈利压力，再融资难度很大。
三、碳排放产品单一，碳市场流动性不足
我国碳排放权交易还属于初级发展阶段，刚走过短短两年的时间。目前中国碳排放权交易方式只有现货交易，有公开交易和协议转让两种方式。产品供给十分单一，这样就会产生流动性不足的问题。
四、碳排放统计数据存在偏差
在建立碳排放权交易市场试点之前，我国尚没有建立起基于企业层面的温室气体排放的统计体系，缺乏数据积累厚度，因此各试点在成立初期均面临没有数据的难题。
大部分试点通过对历史排放数据的比较来获取部分数据，但这些历史数据相对来说并不准确。因此根据这些数据所制定的碳排放权交易相关政策可能会存在一些偏差，会产生例如碳排放基准值和碳排放总量设置不合理等问题。
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